По­яс­не­ние. «Вы­па­да­ю­щая» из ло­ги­че­ско­го ряда часть рас­те­ния  — ко­рень. Сте­бель, лист, цве­ток  — части рас­те­ния, рас­по­ла­га­ю­щи­е­ся над землёй (в не­ко­то­рых учеб­ни­ках есть по­ня­тие побег). Ко­рень рас­те­ния рас­по­ла­га­ет­ся в почве.

Ответ: ко­рень.

Объ­яс­не­ние может быть при­ве­де­но в иной,близ­кой по смыс­лу фор­му­ли­ров­ке