«Вы­па­да­ю­щая» из ло­ги­че­ско­го ряда часть рас­те­ния  — ко­рень. Побег  — сте­бель с рас­по­ло­жен­ны­ми на нём ли­стья­ми и поч­ка­ми. Ко­рень  — под­зем­ная часть рас­те­ния.

Ответ: ко­рень.

Объ­яс­не­ние может быть при­ве­де­но в иной, близ­кой по смыс­лу фор­му­ли­ров­ке.

Ды­ха­ние  — важ­ней­ший, не­об­хо­ди­мый про­цесс, про­те­ка­ю­щий в рас­те­ни­ях. Он за­клю­ча­ет­ся в не­пре­рыв­ном га­зо­об­ме­не рас­те­ния с окру­жа­ю­щей сре­дой путем по­гло­ще­ния кис­ло­ро­да, окис­ле­ния с его по­мо­щью ор­га­ни­че­ских ве­ществ, вы­де­ле­ния уг­ле­кис­ло­го газа, воды и боль­шо­го ко­ли­че­ства теп­ло­вой энер­гии. При этом ды­ха­ние про­ис­хо­дит на все по­верх­но­сти рас­те­ния (а не толь­ко в клет­ках с хло­ро­пла­ста­ми, как в фо­то­син­те­зе).

Ответ: во всех.